菌落計數器采用的是平板計數法，經過培養后數出平板上所生長出的菌落個數，從而計算出每毫升或每克待檢樣品中可以培養出多少個菌落，以CFU/ml或CFU/g報告。菌落計數器可以判定食品被污染的程度，也可以用于觀察細菌對食品污染的程序，同時還可以用于觀察細菌在食品繁殖的動態，以便對被檢樣品進行衛生學評價時提供依據。
JJ-2型菌落計數器是一種數字顯示式半自動細菌檢驗儀器。由計數器、探筆、計數池等部分組成。廣泛用于食品、飲料、藥品、生物制品、衛生用品、飲用水、工業廢水、臨床標本中細菌數的檢驗。
使用方法介紹：
a .接通電源，撥動開關計數池內燈亮，顯示屏顯示“001”，將探筆插頭插入儀器的插孔內，按下“復位”鍵調零使儀器進入工作狀態。
b.放入待檢培養皿。
c.用探筆在培養皿底面對所有的菌落逐個點數。每點一個應聽到“嘟”聲才說明有效，否則應重點。此時，點到的菌落被標上顏色，顯示數字自動累加。
d.用放大鏡仔細檢查，確認點數無遺漏，計數即已完畢。
e.顯示屏內的數字即為該培養皿的菌落數。
f.記錄數字后取出培養皿。按“復位”鍵，顯示屏進入初始狀態。
